Regelmäßige „Vernetzungstreffen“ der außeruniversitären Forschungs- und Infrastruktureinrichtungen zum östlichen Europa dienen dem Informationsaustausch und der wechselseitigen Nutzung von Synergien. So ist auch die Zusammenarbeit mit osmikon (früher Virtuelle Fachbibliothek Osteuropa "ViFa Ost") entstanden, dem Forschungsportal zu Ost-, Ostmittel- und Südosteuropa, einem Kooperationsprojekt der Bayerischen Staatsbibliothek, des Herder-Instituts und des Historischen Seminars/Abteilung für Geschichte Ost- und Südosteuropas der Ludwig-Maximilians-Universität München, des Instituts für Ost- und Südosteuropaforschung in Regensburg und der Niedersächsischen Staats- und Universitätsbibliothek in Göttingen.
Die DGO-Zweigstelle Oldenburg leitet PD Dr. Hans-Christian Petersen (zusammen mit Prof. Dr. Malte Rolf, Carl von Ossietzky Universität Oldenburg).
Das BKGE ist Mitglied im Johann Gottfried Herder-Forschungsrat und kooperiert auch mit dem FZ DiMOS, einer Forschungseinrichtung der Fakultät für Sprach-, Literatur- und Kulturwissenschaften der Universität Regensburg.
Im Bereich Europäische Ethnologie/Empirische Kulturwissenschaft besteht eine langjährige Zusammenarbeit mit dem Institut für Volkskunde der Deutschen des östlichen Europa (IVDE) in Freiburg/Br.
